水楼閣は境内南奥にあり、明治21年(1888)に完成したモダンなレンガ 造りの建物です。明治時代より、琵琶湖の水を京都に運ぶ役割を担って います。南禅院の坂を上ると、水楼閣上を疎水の水が流れるのが見えます。